Hallo,
wenn bei der Installation nicht schon was schiefgeht, ist die Migration kein Problem.
Ich habe das bereits bei mehreren Kunden und bei mir genau so gemacht - kein Problem.
Wichtig ist z.B. das der Exchange 2003 auf Port 25 die Mails annimmt, sonst kannst du intern nicht mailen und die migration der Public Folder geht nicht.
Wenn ein Userpostfach verschoben wurde, merkt dieser das nicht, da der alte Exchange dem Outlook die Daten des neuen Postfachservers gibt, nur der start dauert einen kleinen Moment länger.
Hast du die möglichkeit, von deinem live-System eine Virtuelle zu bauen und das dort zu testen?