Ich hab das jetzt einfach mal gemacht und es scheint funktioniert zu haben.
Den Server lasse ich jetzt mal ein paar Tage in Ruhe und werde dann nach dem Wochenende schauen, was das Ereignisprotokol noch an Fehlern ausgibt. Gegebenenfalls melde ich mich dann halt nochmal.
Für alle anderen mit einem ähnlichen Problem hier mal noch ein ganz guter Link.
http://www.petri.co.il/delete_failed_dcs_from_ad.htm