Hallo Tobias,
das gleiche Problem hatte ich auch nachdem ich gestern das SP3 verteilt habe. Habe nach einiger Recherche aber eine Lösung gefunden. Folgender Registrykey sorgt dafür das Microsoft Outlook 2003 SP3 wieder das Verhalten von SP2 hat und sich benutzerdefinierte .oft Dateien ohne Fehler öffnen lassen. Denke ich werde diesen Wert via einer eigenen ADM verteilen, eine GPO Einstellungen scheint es dafür nämlich nicht zu geben.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\11.0\Outlook\Options\Mail
"AllowMSGFilestoCreateProps"=dword:00000001
Weitere Infos dazu findest Du hier.
http://support.microsoft.com/kb/907985/en-us
AllowMSGFilestoCreateProps: If the value is 0, .msg files and .oft files cannot create new non-Outlook custom properties. This value is the default value. If the value is 1, .msg files and .oft files can create new non-Outlook custom properties.