Hallo Matthias,
ich weiss nicht ob es hilft, aber ich hatte ein ähnliches Problem mit Postfächern, die von mehreren Rechnern abgerufen wurden (PC und Laptop).
Man öffnete ein Outlook (egal bei welchem der 2 Rechner), Outlook verbindet sich mit dem Server, synchronisiert und schwups kann ich zuschauen, wie alle Emails im Nirwana verschwinden. (Weder gelöschte Objekte, Wiederherstellen, etc - einfach weg!)
Merkwürdigerweise betraf dies ausschliesslich den Posteingang, Unterordner waren nicht betroffen.
Eine echte Lösung habe ich auch nicht gefunden, bei uns war es aber so, dass die Laptops zusätzlich noch private smtp-Konten abgerufen haben und ihre Emails in die lokale pst abgerufen haben, nicht in das Postfach vom Exchange Server. Nachdem ich dies umgestellt habe, funktionierte alles einwandfrei.
Vielleicht ist dies zumindest ein Ansatz ...
Gruss Tanja